9月16日0—24時，31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增確診病例9例，均為境外輸入病例（上海4例，陜西2例，河南1例，廣東1例，云南1例）；無新增死亡病例；新增疑似病例1例，為境外輸入病例（在上海）。
當日新增治愈出院病例11例，解除醫學觀察的密切接觸者728人，重癥病例較前一日增加1例。
境外輸入現有確診病例141例（其中重癥病例1例），現有疑似病例1例。累計確診病例2674例，累計治愈出院病例2533例，無死亡病例。
截至9月16日24時，據31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告，現有確診病例141例（其中重癥病例1例），累計治愈出院病例80448例，累計死亡病例4634例，累計報告確診病例85223例，現有疑似病例1例。累計追蹤到密切接觸者824740人，尚在醫學觀察的密切接觸者6496人。
31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增無癥狀感染者14例（均為境外輸入）；當日無轉為確診病例；當日解除醫學觀察21例（均為境外輸入）；尚在醫學觀察無癥狀感染者354例（境外輸入353例）。
累計收到港澳臺地區通報確診病例5530例。其中，香港特別行政區4984例（出院4663例，死亡102例），澳門特別行政區46例（出院46例），臺灣地區500例（出院477例，死亡7例）。
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